Né le 1er février 1962 dans l'arrondissement de Itabashi, Takashi grandit dans une certaine précarité, sa famille n'ayant pour revenus que le travail de son père, simple chauffeur de taxi.

Passionné par les dessins animés, il est un élève brillant qui poursuivra des études artistiques à l'Université de Tokyo, jusqu'à l'obtention d'un doctorat.

En 1995, il fonde son studio de production appelé Hiropon Factory. Takashi Murakami expose en Europe et aux États-Unis où son succès va croissant.

L'artiste collabore notamment avec la marque de maroquinerie de luxe Louis Vuitton, en 2004. Puis en 2007, c'est Kanye West qui le sollicite pour réaliser la pochette de son album Graduation. L'entreprise Google lui demande même en 2011 de travailler à son nouveau logo.